あなたのノイズ、わたしのミュージック。

自分が何にどう関心を示したかの記録。

4/15のつめたい夕餉(即席版) 遺伝子とDNA / 行基本変形による連立1次方程式の解法

夕餉 日記 分子生物学 生物 数学 線形代数 プログラミング データ構造 機械学習

しばらくぶりです。ブログの書き方と健康な状態を忘れつつあります。

4/16の晩御飯のおとも

放送大学 生命分子と細胞の科学 第3回

遺伝子とDNAについて。多分全部高専で習った、もしくはブルーバックスの大学生物の教科書で見た？

DNAの話が多かった、多分それは下記により。

ワトソンとクリックの発見は、遺伝子の物質としての構造を明らかにしたという点で大きなインパクトを与えた。

しかしそれ以上に、二重螺旋という構造自体に「親から子への同一の遺伝子の情報を伝えうる」性質が備わっていることが科学者に衝撃を与えた。

(教科書 P. 52)

まじで突破口みたいな発見だったことが、この分野の研究史見てるとわかる。

放送大学 入門線形代数 第3回

行基本変形を用いた連立1次方程式の解き方、掃き出し法。

これも多分高専で習った(たぶん多分じゃない)。

そもそもの解き方として挙げられてた加減法の方こそやった記憶がないと思ってたけど中学の範囲ならそんなわけはないな……しっかりしてくれ……。

ja.wikibooks.org

とにかく係数行列を単位行列の形にするよう頑張っていきましょうみたいな流れ。

あと行列の自由度および階数(rank)についても掠める。

あとちょっとずつつまんだもの。

エンジリッシュ

単語:イディオム:フレーズ = 60:30:10

放送大学 データ構造とプログラミング 第7回(写経)

バイナリサーチツリーからある値を探索するコード。多分写さなくても読めたな……。

あと会社で機械学習の研修を受けました。

たぶんキカガクさんの機械学習講座中級編の実践パートあたりの内容。

www.udemy.com

4/16の晩御飯

納豆ご飯と買い出しの時に見つけた2割引のしゅうまい。

2割引の中華、美味しいわけがない。

4/2のつめたい夕餉 光合成と一次代謝 / スタック

日記 夕餉 プログラミング データ構造 代謝生理 生物

どんな柄のアノラックを作ろうか考えていたら夜だった。

4/2の晩御飯のおとも

放送大学 植物の科学 第2回

光合成と一次代謝について。植物といえばですね。

一次代謝産物: エネルギー源や体の構成成分として重要な成分で、すべての植物が普遍的に生合成できる代謝産物。糖類やアミノ酸。

※二次代謝産物: 環境適応に関与して合成される、その植物種に特異的な代謝産物。生薬における薬効成分など。

6CO_{2} + 12H_{2}O → C_{6}H_{12}O_{6} + 6H_{2}O + 6O_{2}

光エネルギーから変換された化学エネルギーを、大気中のCO2を取り込み有機物に同化させる反応(=炭素固定)に供給する、一連の流れが光合成。

上記のように収支式で見るとなかなかシンプルなものですが、詳細にみていくと様々な物質の生成を経て進む反応であることがわかります。

全体を覚えちゃいられない(覚えるもんなのかなあ)けど、

炭素固定の反応の要となるカルビンベンソン回路がひとまわりで1分子ずつスクロースやデンプンの合成に必要なもの(GAP: グリセルアルデヒド3-リン酸)を作っていく、

そんなような地道なことが細々と続いていて、

その最中にそっと生じる酸素で生かされている我々、あやうくてかわいい。

www.photosynthesis.jp


放送大学 データ構造とプログラミング 第2回

スタックについて。

データ構造の基本的なものとされるスタックは、データが積み重なった構造をしている。

読み取りの際にはその積み重ねの頂上にあるデータを取り扱っていくことになる。

操作の例.

プッシュ: データをスタックの頂上に積む

ポップ: データをスタックの頂上から取り出す

いたってシンプルな構造であるが、文字列反転操作、逆ポーランド記法、プログラミングにおける関数呼び出しといったものへと応用されている。

(あくまで)一時的に取っておくという操作が必要になった際に役立つ構造なのかな、といった認識でいます。

個人的に逆ポーランド記法が推せる。

ja.wikipedia.org

www.sci.kanagawa-u.ac.jp

サンプルコードのC言語を読み書きできるようになる必要性を感じる。

4/2の晩御飯

めかぶ やきとり + チョココッペパン +

4/1のつめたい夕餉 DigitalOceanにCentOS積んであそぼう

日記 夕餉 DigitalOcean Droplet Nginx Redmine 生物

ただしイケメンに限る、みたいな熱狂がありましたね、新元号の発表。

4/1の晩御飯のおとも

DigitalOceanにCentOS積んであそぼう(たぶん前編)

www.digitalocean.com

そもそもCentOSの取り扱いを練習する必要が発生していまして、

月額制のクラウド仮想マシンであるDigitalOceanのDropletで練習してみようと思った次第です。

とりあえずメモを残しておくことであとの自分が困らなくなるといいな……という目論見。


www.slideshare.net

DigitalOcean、日本語の資料まだまだ少ないですが、ちょっと古いけど端的に特徴とか導入手順とか示されているスライドがあります。

他にも登録→Dropletの立て方の手順あたりなら、割と細かく書かれた日本語の記事がいくつかあります。


Droplet作成時にCentOSをぶっこむよう設定できるのでひとまずそれで。バージョンも指定できます。

www.digitalocean.com

公式ドキュメントがわりと易しいので助かります。

オプションにはIPv6をつけました、タダらしいし。

あと前にも少し触った時SSHキー作ってたので、今回のDropletにもそれを結びつけました。

新しく作らずに済んでラッキー、と思いきや、なんかsshログインめっちゃ失敗する……。

なんのことはなく、前回Droplet作った時以降にパスワードリセットしてたの普通に忘れてて全然違うの入れてただけでした。

メールできてたリセット後のパスワードを入力すると、再設定を促され、

(base) MidorinoMacBook-Pro:~ fujitami$ ssh -i .ssh/<キー名> root@<IPアドレス>
Enter passphrase for key '.ssh/<キー名が入っているはず>':
You are required to change your password immediately (root enforced)
Last login: Mon Apr  1 14:20:51 2019 from <接続元>
Changing password for root.

(current) UNIX password:<変更前のパスワード>
New password:<変更後のパスワード>
Retype new password:<同上>
[root@centos-s-1vcpu-1gb-sgp1-01 ~]#

無事にログインできるように。


公開したいアプリケーションとかがあるわけでもないので、今回はRedmineを。

公式ブログにCentOSへのインストール手順が割と丁寧に載っています。

blog.redmine.jp

Redmine Redmine 4.0
OS CentOS 7.6
データベース PostgreSQL 9.2.24
webサーバ Nginx 1.14.2
Ruby 2.6.2

記事が少し古いので各々バージョンあげたり、こちらの都合でWebサーバはNginxにしたり。

概ね上記ブログ通りには進んでましたが、CentOSの構成に関して今回なにも選んでないからか、Firewalldのインストールが必要だったという違いはありました。

# systemctl status firewalld
Unit firewalld.service could not be found.

こんなん出てきたらFirewalldが入ってなさげです。下記を参考に導入。

centos.server-manual.com

あと今回Nginx選んだので、公式ブログのほうでhttpdとか入れてるあたりでNginxを入れました。

これもyumでそのままインストールできなかったので、Nginx公式に掲載されてる設定をして導入。

www.nginx.com

↓この際にカンニングした記事。

qiita.com


『設定ファイル config/configuration.yml の作成』の手前まで進めました。

眠いしドメインどうしようかな問題もあるしなので、今日はここまで。

そのほかにかじったもの。

放送大学 植物の科学 第1章

科目の導入と植物種の多様性について。

動物の方の科目でも挙げられてたけど、分子系統解析がそれまでの常識をむちゃくちゃに荒らし回ったようですね。

それまでの常識のほうがむちゃくちゃだったのかもだけど。

とくに、外見上の特徴から分類がなされていた植物の系統はもはや私の子供の頃とは様変わりしていて、

単子葉植物は存在するが、それとついになる形でという意味での双子葉植物は存在しない、とか、

合弁花類・離弁花類という区分もどうやら確かではない、とか。

ja.wikipedia.org

ja.wikipedia.org

※下記あんま読んでないからあとで読みたいやつ

ww1.fukuoka-edu.ac.jp

4/1の晩御飯

塩を規定量の20倍入れて慌てて取り除くも除き切れるわけもなかったオムレツ。気付けよ

3/30 まつもとゆきひろ氏 特別講演 『20代エンジニアのためのプログラマー勉強法』

イベント(聴講) プログラミング Ruby

春を目前に控えた2月末。

安定しないモチベーションに振り回されていたわたくしは、

そんな自分自身に喝を入れるためこちらのイベントに申し込みました。

supporterzcolab.com

Rubyから始まったプログラマ人生、レッツ初心奪回！

こちらの講演、勉強法といってもRuby等のプログラミング言語を知っていくためのノウハウを伝授するといったものではなく、

20代のいま勉強をすることの意味、および自分の力を伸ばす勉強をしていくためには何を考えていけば良いのか、

といった、もっと広めの視点からのアドバイスといったものであった、と認識しています(たぶん)。


以下、講演内容のメモとなります。

※個人の解釈が含まれる場合があります。ご了承ください。内容自体に間違いがあったら教えていただけると幸いです……！

続きを読む

3/26のつめたい夕餉(即席版)

夕餉 日記 生物 プログラミング CSS Sass

"涙と笑いとハイホーに満ちた傑作長編"とか評されるその筆致で人生を浚われたい。

3/26の晩御飯のおとも

放送大学 動物の科学 第12章

動物の脳とその機能。と言いつつほとんどヒトかも。

大脳は部位によってその機能の割り当てが決まっている。

脳機能は概ね左右対称に割り当てられているが、言語野だけは左に偏る。

この取ってつけた感が素敵。

あと気分と神経伝達物質との関係。だいたいモノアミンのせい。

エンジリッシュ

190問。たぶん単語70問・イディオム80問・フレーズ40問。

progate Sass

ちょっとしたきっかけがあり課金を続行することにしたprogate。

EXPERT出て以来ほとんどCSSすらほとんど触ってなかったので復習。引数まで使えたんかワレ……。

3/26の晩御飯

納豆ご飯。あと抗生物質が違うやつになった。快方？

2Q(注:弊社の区分に合わせて)の目標: なによりもまずは自分自身に実験を仕掛けること。

3/24のつめたい夕餉 放送大学 動物の科学 第9章・第10章 / 独習Git 第2章

夕餉 日記 生物 Git

おっかなびっくりなまま終えたひと仕事をはじめとして、

諸々を駆け抜けていったそのあとの虚脱感。

3/24の晩御飯のおとも

放送大学 動物の科学 第9章・第10章

第9章は生体情報を伝える神経系と内分泌系。

電気信号を作り出してはたらく神経系とホルモンを作り放出する内分泌系、生体情報を伝えるという点で共通点のあるこのふたつは、

協調的なはたらきをとり、その結果として適切なタイミングで生殖腺を発達させる。

ある動物が雌雄や個体ごとで生殖期に差があると失敗する確率が高くなるため、それらの条件間で足並みが揃うようにしているのである。

.

何かしら伝えるべき信号や渡らせるべきホルモンがあったとして、

シグナルとなる化学物質がその受容体に結合するようなのですが、

そのシグナルが水溶性分子であれば脂質の膜でできた分泌小胞にパッケージングされて受容体近くまで運ばれ放出されることによって行き着くし、

脂溶性分子なら細胞膜(脂質二重膜でできている)にそのまま溶け込んで通過し、細胞内にいる受容体にそのままアクセスできる、

こういう使い分けのバランス感覚すごい。あと開口放出がちゃんと示されたの2013年のことらしくてびっくり。

開口放出 - 薬学用語解説 - 日本薬学会

神経伝達物質の放出機構

.

第10回は親による子供への投資と性選択。

ここでいう"投資"は、より多くの子孫を残すべく、親がそれぞれの子供に資源を投じること。

投資は、配偶子を生産するという上で生じるもの(この投資の大きさは、膨大な数とはいえ極小である精子をつくる雄<大型の卵を作る雌)と、

産まれた子を育てる上で生じるもの(育てるものが片親か両親かによって雌雄間での投資量のバランスが変わる)とに大別される。

.

雌を奪うために雄同士が戦うもの、雄を奪うために雌同士が戦うもの、種によってその関係性は変わってくる。

この違いは、雌雄のどちらが子育てにエネルギーと時間を費やすようになっているかによって決まる。

ex. ベイトマンのキイロショウジョウバエの実験(あんまいい資料見つからなかったのでWikipedia)

ベイトマンの原理 - Wikipedia

また、異性を選ぶことには時間やエネルギーといったコストがかかるが、それでもやるのは何故なのか。

より優良な相手(たくさんの資源を持ってこられる、健康な体をつくる遺伝子をもつ、選ぶ側に選り好まれる遺伝子を持つ)を選ぶことで、

子育ての資源が確保できたり、次世代もまた優良な個体として育ちやすくなったりといったメリットがあるのではないかとされている。

.

また、多くの動物では雄と雌の数はほぼ等しく存在している。これはフィッシャーの性比理論によって説明されている。

各子供には父と母が1個体ずつ存在する。つまり、ある集団内で雄全体で残す子供の数と雌全体で残す子供の数は一致する。

雌雄どちらかが増加or減少した場合、投資効果は投資量の少ない性で大きくなり、そちらに投資する親はよりたくさんの適応度(孫の数)を稼ぐようになる。

→数の少ない性を増加させるように自然選択がはたらく。

その結果、性比は雌雄への総投資量が等しくなるところで安定する。

W・D・ハミルトン / ミツバチの話 - 生命と数学 - Cute.Guides at 九州大学 Kyushu University

フィッシャーの原理 - Wikipedia

第10章に関しては昨日友達に展開してた雑な論を若干ひっかいていくものがあり、少し心苦しいものがあった(感想)。

エンジリッシュ

150問。単語70問・イディオム60問・フレーズ20問。

独習Git 第2章

Gitとバージョン管理の概要。

Gitはバージョン管理のシステムとしてどのような特徴を持つのか(=分散リポジトリ・ブランチ・ステージングエリア)の確認。

および著者が準備したサンプルをクローンし、Git管理されたリポジトリを検分。

だいたいやったことあることだったけどblameというコマンドは使ったことなかった。

$ git blame master README.txt

出力

436cf890 (Rick Umali 2009-09-05 02:10:36 +0000  1) rickumali-index
436cf890 (Rick Umali 2009-09-05 02:10:36 +0000  2)
436cf890 (Rick Umali 2009-09-05 02:10:36 +0000  3) This is the software that generates the rickumali.com site.
436cf890 (Rick Umali 2009-09-05 02:10:36 +0000  4)
436cf890 (Rick Umali 2009-09-05 02:10:36 +0000  5) The best way to read this code is to start "from the cron jobs":
(以下略)

→README.txtというファイルに起こったことの詳細が確認できる。

3/24の晩御飯

近所のパン屋さんのおつとめ品と普通に買った桜あんぱんと盟友からのホワイトデーのお菓子。