4/24のつめたい夕餉 中立進化と偶然
小笠原鳥類のポスターを貼る壁が足りなくて少しだけ引っ越したいお気持ち。
4/24の晩御飯のおとも
放送大学 生物の進化と多様化の科学
中立進化と偶然。
進化の仕組みとしてよく挙げられるのは自然選択、しかしそれだけでは説明できない部分がある。
その綻びを繕える論説が分子進化の中立説。
進化には、生存や繁殖に有利でも不利でもない、中立な変異が広まった結果のそれも存在しているということ。
そのまんまですね。
なぜ中立な変異が集団へと広がり固定されるといったことが起こるのか。
集団中にある割合で生じた有利でも不利でもないというその変異は、
理屈の上では次世代にも同様の割合で継承される可能性が最も高くなる。
しかしながら、実際には次世代に変異が継がれる割合がぴったり同じとはならない場合が、往往にしてある。
10枚中4枚があたりのくじを5枚引いてもあたりくじは4枚の時もあれば0枚の時だってある、みたいなイメージ。同じ生物は生まれ直せないので
そしてその少し高い割合で顕現した中立な変異が次の次の世代で高く、さらに高く……と何世代にもわたり繰り返されていくことにより、
有利でも不利でもない変異が集団の中で固定される。
このような、そのものの性質が遺伝の可否に関わらない変異の運命を左右する偶然のことを遺伝的浮動という。
ちなみに、こんな不確かな道筋の継承のわりに中立な変異の結果と思しき性質が多々見受けられるのは、
突然変異のうち中立な変異(および不利な変異)の占める割合が有利な変異のそれよりもバカ高いからである(自然選択の影響の方が強いので有利な変異もちゃんと広まる)。
下手な鉄砲数打ちゃ当たる。
分子の話あんましてないけど夜が更けてきたので適当に……。
分子レベルの進化の特徴は速度が一定であることであるが、その速度は分子によって異なる。
とくに体内のタンパク質には、機能や構造に重要な意味があるものがあり、
そういったものにおこる変異は生命を保てなくなる、不利な変異であることが多い。
つまり集団に固定されない変異が起こりがちであるため、進化の速度は低くなる。
機能を保ちつつ変化可能な部分が多いタンパク質において起こる変異、前段の流れでいくとそれはまさしく中立な変異といえるものであるのだが、
そのような変異こそが分子レベルの進化の一端を支えているのである。
分子時計のあたりの話が前段のちょっと怪しい分子レベルの進化の話のちゃんとしたやつです。すごいね
そのほか
SpringBootとKotlinで学ぶjOOQ
前回の続きで環境構築。
DockerでMySQL立ち上げてテストデータ流すあたりまで。
作例ではport:3306にてMySQL起動してますが、別の機会にローカルで同ポートで起動してるとハマる(でも表立ってエラーは出ない)ので気をつけましょう。
よくわかっていない時分にはよくあることだと信じたい。
たぶんそろそろいよいよjOOQです。O/Rマッパー全然知らんが
www.slideshare.net
SQLのお勉強にもなりそうですね。
エンジリッシュ
単語だけ80問。
4/24の晩御飯
痛い出費をしたので卵なしお味噌汁なしの納豆ご飯。
4/21のつめたい夕餉(即席版) ゲノムとゲノム科学 / 原子、分子の世界 / 生物の進化と多様化 / SpringBootとKotlinで学ぶjOOQ
頂いた本を読んでいる時の、考えの奥行きが本の厚みをも突き抜けていく、あの感覚がたまらないなと、
滅多にあることでもないのでそういった機会が巡ってくるたびに思う。
4/21の晩ご飯のおとも
放送大学 生命分子と細胞の科学
ゲノムとゲノム科学について。
ゲノム: ある生物種を規定するのに必要な遺伝情報の総体
例えばヒトのタンパク質をコードする遺伝子。
ヒトのゲノムは解明されているため、ヒトが特異的に持っているタンパク質がなにかということも突き止めることができる。
ちなみにヒトのタンパク質のうち上記のようなヒト特異のものの割合は1%程度だそう。
放送大学 化学結合論
原子、分子の世界。
次章の量子化学に向けての布石だと思う、昔習っていた時の苦手意識が発動してつらい。
たぶん重要な概念はエネルギー準位と波動性/粒子性。
エネルギー準位: ある原子が取りうるエネルギーの状態。安定している状態(基底状態)がエネルギー高。
放送大学 生物の進化と多様化の科学
生物の進化と多様化。
取り扱う概念の定義、調べ方や示し方が主？授業のチュートリアル的な回。
エンジリッシュ
単語:イディオム:フレーズ = 80 : 30 : 17 計127問。
SpringBootとKotlinで学ぶjOOQ入門
技術書典で購入したこちらの書籍。
環境構築(InterlliJ IDEA CE・Docker導入)と、
ローカルサーバ起動して規定のURLにリクエスト出すとHello Worldのメッセージが表示される挙動のcontroller作成まで。
Springのパッケージ作る際、簡単な構成でいいならSpringの公式に作成用のページがあるのね。
4/21の晩ご飯
高専の友達が(数ヶ月前に)差し入れでくれたおうどん。
二日酔いと読後の感情のけたたましさとでほぼ1日中臥せっていた、
夕方身を起こしたら競輪場に灯るナイターの明かりが綺麗だった、これはこれで、と思う日はもう何度目だろうか。
4/15のつめたい夕餉(即席版) 遺伝子とDNA / 行基本変形による連立1次方程式の解法
しばらくぶりです。ブログの書き方と健康な状態を忘れつつあります。
4/16の晩御飯のおとも
放送大学 生命分子と細胞の科学 第3回
遺伝子とDNAについて。多分全部高専で習った、もしくはブルーバックスの大学生物の教科書で見た？
DNAの話が多かった、多分それは下記により。
ワトソンとクリックの発見は、遺伝子の物質としての構造を明らかにしたという点で大きなインパクトを与えた。
しかしそれ以上に、二重螺旋という構造自体に「親から子への同一の遺伝子の情報を伝えうる」性質が備わっていることが科学者に衝撃を与えた。
(教科書 P. 52)
まじで突破口みたいな発見だったことが、この分野の研究史見てるとわかる。
放送大学 入門線形代数 第3回
行基本変形を用いた連立1次方程式の解き方、掃き出し法。
これも多分高専で習った(たぶん多分じゃない)。
そもそもの解き方として挙げられてた加減法の方こそやった記憶がないと思ってたけど中学の範囲ならそんなわけはないな……しっかりしてくれ……。
とにかく係数行列を単位行列の形にするよう頑張っていきましょうみたいな流れ。
あと行列の自由度および階数(rank)についても掠める。
あとちょっとずつつまんだもの。
エンジリッシュ
単語:イディオム:フレーズ = 60:30:10
放送大学 データ構造とプログラミング 第7回(写経)
バイナリサーチツリーからある値を探索するコード。多分写さなくても読めたな……。
あと会社で機械学習の研修を受けました。
たぶんキカガクさんの機械学習講座中級編の実践パートあたりの内容。
4/16の晩御飯
納豆ご飯と買い出しの時に見つけた2割引のしゅうまい。
2割引の中華、美味しいわけがない。
4/2のつめたい夕餉 光合成と一次代謝 / スタック
どんな柄のアノラックを作ろうか考えていたら夜だった。
4/2の晩御飯のおとも
放送大学 植物の科学 第2回
一次代謝産物: エネルギー源や体の構成成分として重要な成分で、すべての植物が普遍的に生合成できる代謝産物。糖類やアミノ酸。
※二次代謝産物: 環境適応に関与して合成される、その植物種に特異的な代謝産物。生薬における薬効成分など。
光エネルギーから変換された化学エネルギーを、大気中のCO2を取り込み有機物に同化させる反応(=炭素固定)に供給する、一連の流れが光合成。
上記のように収支式で見るとなかなかシンプルなものですが、詳細にみていくと様々な物質の生成を経て進む反応であることがわかります。
全体を覚えちゃいられない(覚えるもんなのかなあ)けど、
炭素固定の反応の要となるカルビンベンソン回路がひとまわりで1分子ずつスクロースやデンプンの合成に必要なもの(GAP: グリセルアルデヒド3-リン酸)を作っていく、
そんなような地道なことが細々と続いていて、
その最中にそっと生じる酸素で生かされている我々、あやうくてかわいい。
放送大学 データ構造とプログラミング 第2回
スタックについて。
データ構造の基本的なものとされるスタックは、データが積み重なった構造をしている。
読み取りの際にはその積み重ねの頂上にあるデータを取り扱っていくことになる。
操作の例.
プッシュ: データをスタックの頂上に積む
ポップ: データをスタックの頂上から取り出す
いたってシンプルな構造であるが、文字列反転操作、逆ポーランド記法、プログラミングにおける関数呼び出しといったものへと応用されている。
(あくまで)一時的に取っておくという操作が必要になった際に役立つ構造なのかな、といった認識でいます。
個人的に逆ポーランド記法が推せる。
サンプルコードのC言語を読み書きできるようになる必要性を感じる。
4/2の晩御飯
めかぶ やきとり + チョココッペパン +
4/1のつめたい夕餉 DigitalOceanにCentOS積んであそぼう
ただしイケメンに限る、みたいな熱狂がありましたね、新元号の発表。
4/1の晩御飯のおとも
DigitalOceanにCentOS積んであそぼう(たぶん前編)
そもそもCentOSの取り扱いを練習する必要が発生していまして、
月額制のクラウド仮想マシンであるDigitalOceanのDropletで練習してみようと思った次第です。
とりあえずメモを残しておくことであとの自分が困らなくなるといいな……という目論見。
www.slideshare.net
DigitalOcean、日本語の資料まだまだ少ないですが、ちょっと古いけど端的に特徴とか導入手順とか示されているスライドがあります。
他にも登録→Dropletの立て方の手順あたりなら、割と細かく書かれた日本語の記事がいくつかあります。
Droplet作成時にCentOSをぶっこむよう設定できるのでひとまずそれで。バージョンも指定できます。
公式ドキュメントがわりと易しいので助かります。
オプションにはIPv6をつけました、タダらしいし。
あと前にも少し触った時SSHキー作ってたので、今回のDropletにもそれを結びつけました。
新しく作らずに済んでラッキー、と思いきや、なんかsshログインめっちゃ失敗する……。
なんのことはなく、前回Droplet作った時以降にパスワードリセットしてたの普通に忘れてて全然違うの入れてただけでした。
メールできてたリセット後のパスワードを入力すると、再設定を促され、
(base) MidorinoMacBook-Pro:~ fujitami$ ssh -i .ssh/<キー名> root@<IPアドレス> Enter passphrase for key '.ssh/<キー名が入っているはず>': You are required to change your password immediately (root enforced) Last login: Mon Apr 1 14:20:51 2019 from <接続元> Changing password for root. (current) UNIX password:<変更前のパスワード> New password:<変更後のパスワード> Retype new password:<同上> [root@centos-s-1vcpu-1gb-sgp1-01 ~]#
無事にログインできるように。
公開したいアプリケーションとかがあるわけでもないので、今回はRedmineを。
公式ブログにCentOSへのインストール手順が割と丁寧に載っています。
Redmine Redmine 4.0 OS CentOS 7.6 データベース PostgreSQL 9.2.24 webサーバ Nginx 1.14.2 Ruby 2.6.2
記事が少し古いので各々バージョンあげたり、こちらの都合でWebサーバはNginxにしたり。
概ね上記ブログ通りには進んでましたが、CentOSの構成に関して今回なにも選んでないからか、Firewalldのインストールが必要だったという違いはありました。
# systemctl status firewalld Unit firewalld.service could not be found.
こんなん出てきたらFirewalldが入ってなさげです。下記を参考に導入。
あと今回Nginx選んだので、公式ブログのほうでhttpdとか入れてるあたりでNginxを入れました。
これもyumでそのままインストールできなかったので、Nginx公式に掲載されてる設定をして導入。
↓この際にカンニングした記事。
『設定ファイル config/configuration.yml の作成』の手前まで進めました。
眠いしドメインどうしようかな問題もあるしなので、今日はここまで。
そのほかにかじったもの。
放送大学 植物の科学 第1章
科目の導入と植物種の多様性について。
動物の方の科目でも挙げられてたけど、分子系統解析がそれまでの常識をむちゃくちゃに荒らし回ったようですね。
それまでの常識のほうがむちゃくちゃだったのかもだけど。
とくに、外見上の特徴から分類がなされていた植物の系統はもはや私の子供の頃とは様変わりしていて、
単子葉植物は存在するが、それとついになる形でという意味での双子葉植物は存在しない、とか、
合弁花類・離弁花類という区分もどうやら確かではない、とか。
※下記あんま読んでないからあとで読みたいやつ
4/1の晩御飯
塩を規定量の20倍入れて慌てて取り除くも除き切れるわけもなかったオムレツ。気付けよ
2019年3月のわたしのミュージック。
自分が何にどう関心示したかの記録。
続きを読む3/30 まつもとゆきひろ氏 特別講演 『20代エンジニアのためのプログラマー勉強法』
春を目前に控えた2月末。
安定しないモチベーションに振り回されていたわたくしは、
そんな自分自身に喝を入れるためこちらのイベントに申し込みました。
こちらの講演、勉強法といってもRuby等のプログラミング言語を知っていくためのノウハウを伝授するといったものではなく、
20代のいま勉強をすることの意味、および自分の力を伸ばす勉強をしていくためには何を考えていけば良いのか、
といった、もっと広めの視点からのアドバイスといったものであった、と認識しています(たぶん)。
以下、講演内容のメモとなります。
※個人の解釈が含まれる場合があります。ご了承ください。内容自体に間違いがあったら教えていただけると幸いです……！
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